2006年，我院黄海水产研究所专利授权量达到16项，创历史最高水平，其中获得授权证书10项，收到授权通知书6项。获得授权发明的10项专利分别是：工厂化循环水养鱼水处理方法、缓释药物防治海带虫害的方法、养殖大菱鲆烂鳍病防治药物配方、柔性联接网箱框架、双壳贝类稚贝高密度培育装置及培育方法、双壳贝类育苗生产中的太阳能海水升温控制装置、VC速测片、海参养殖配合饲料、利用太平洋狭鳕鱼肉制备蛋白寡肽粉的酶解方法、可远程控制的升降式网箱及控制方法；收到授权通知书的6项专利分别是：连续式真空活鱼起捕分级机、栉孔扇贝与虾夷扇贝远缘杂交育种方法、非特异免疫激活剂的制备方法、功能食品的基料液及其制备方法、一种新型海洋溶菌酶膜及其制备方法、微颗粒饲料卤虫虾片及其配制方法。

知识产权的创造、管理和保护已成为黄海水产研究所可持续发展的动力之一。